Sek Kebangsaan Jambongan telah ditubuhkan pada tahun 1966. Pada peringkat awal penubuhannya cuma sebuah bangunan papan dan sebuah rumah guru sahaja iaitu untuk tujuan pengajaran dan pembelajaran. Pembinaan bangunan sekolah ini telah diusahakan oleh seorang kontraktor iaitu En Amir Ali yang berasal dari Kg Bukara, Sandakan dan dengan kerjasama masyarakat kampung kawasan sekolah ini telah dibersihkan serta disusun atur.
Kemudian pada tanggal 1 September 1967 sekolah ini telah dibuka secara rasmi dengan kehadiran seorang Guru Besar iaitu En Willie Bin Balad yang berasal dari daerah Tuaran. Dengan muafakat antara pihak Pejabat Pelajaran Daerah pada ketika itu dengan pihak sekolah, maka sekolah ini secara rasminya diberi nama sebagai Sek Keb Jambongan. Pada sesi pertama persekolahan para ibu bapa telah datang mendaftarkan anak-anak mereka iaitu seramai 90 orang. Walau bagaimanapun dengan keadaan dan jumlah kelas yang terhad, kesemua murid yang telah mendaftar di tahun 1 terpaksa digabungkan menjadi satu kelas sahaja. Namum demikian setahun selepas penubuhan sekolah ini bilik darjah telah bertambah menjadi tiga.
SK Jambongan 2008.
